К нему присоединили ФГБУ «Орловский референтный центр Россельхознадзора» с образованием двух структурных подразделений — Орловский и Курский филиалы.
До настоящего момента в структуру ФГБУ «Центральная научно-методическая ветеринарная лаборатория» входили Тульский, Липецкий, Рязанский, Самарский и Владимирский филиалы, а также Калужское территориальное отделение.
Помимо проведения лабораторных исследований на все структурные подразделения ФГБУ в регионах возложены задачи по проведению специальной оценки условий труда и производственному контролю, сертификации и декларированию продукции и услуг, разработке и внедрению системы управления качеством и безопасностью пищевых продуктов на основе принципов ХАССП, проведению работ в сфере земельных отношений (разработка проектов рекультивации нарушенных земель, выдача заключений о качественном состоянии почвы, разработка паспортов плодородия и т.д.), а также организации дополнительного профессионального образования в области ветеринарии и лабораторной диагностики.